O governo Lula teve quatro ministros da Defesa do Brasil, a saber: José Viegas Filho (diplomata), que teve vários atritos com representantes das Forças Armadas. Apresentou seu pedido de renúncia ao Presidente da República devido a uma crise gerada por uma nota divulgada pelo Serviço de Comunicação Social do Exército, que fazia apologia do Regime Militar.
José Alencar (vice-presidente da República), que em 8 de novembro de 2004, passou a acumular a vice-presidência com o cargo de ministro da Defesa. Por diversas oportunidades, demonstrou-se reticente quanto à sua permanência em um cargo tão distinto de seus conhecimentos empresariais, mas a pedidos do presidente Lula, exerceu a função até 31 de março de 2006.
Waldir Pires assumiu em 31 de março de 2006 o Ministério da Defesa, a pedido do ex- presidente Lula. Deixou a pasta em 25 de junho de 2000.
Nelson Azevedo Jobim depois de um pouco mais de um ano de se aposentar do STF, Jobim foi nomeado, pelo Presidente da República Luís Inácio Lula da Silva (PT), para exercer o cargo de Ministro de Estado da Defesa. A pasta passava por um momento conturbado com a crise no setor aéreo, já que, em menos de um ano, dois acidentes aéreos haviam matado mais de 350 pessoas em Mato Grosso e São Paulo, situação que culminou na demissão de seu antecessor Waldir Pires. Ficou à frente do ministério até 2011, no Governo de Dilma Rousseff (PT), quando foi substituído no cargo de ministro da Defesa pelo ex-chanceler Celso Amorim, ministro das Relações Exteriores durante os oito anos do governo anterior.
Jaques Wagner em 23 de dezembro de 2014, foi indicado para assumir o Ministério da Defesa em substituição a Celso Amorim, no segundo mandato do Governo Dilma Rousseff. Ficou até 2 de outubro de 2015 quando foi indicado para Casa Civil.
Aldo Rebelo de 2 de outubro de 2015 a 12 de maio de 2016 foi Ministro da Defesa. Foi bem recebido por membros das Forças Armadas por ter defendido pautas de interesse da categoria, como a oposição à alteração da Lei da Anistia que permitiria a punição a agentes que praticaram tortura no Regime Militar e a defesa dos militares na Comissão da Verdade, a qual considerava “um erro”, tendo questionado “por que os militares de agora vão pedir desculpas hoje por quem fez coisas no passado?”.
Apesar disso, teve resistência de oficiais da reserva em razão de sua filiação ao Partido Comunista do Brasil. Em 2003, segundo muitos veículo de imprensa, contou com o apoio e lobby do então deputado federal Jair Bolsonaro (Partido Progressista Brasileiro – PPB), que afirmará, à época: “Vim tentar um espacinho na agenda do Lula para desmentir essa história de que o Aldo tem restrições nas Forças Armadas. Pelo contrário, é uma pessoa que entende do assunto e tem grande respeito“.
